Бурятская митрополия
Бурятское благочиние в составе Иркутской и Читинской было создано в 1994 году. В том же году благочиние перешло в юрисдикцию Читинской и Забайкальской епархии.
Предложение о создании отдельной епархии в апреле 2007 года высказывал мэр Улан-Удэ Геннадий Айдаев.
В июле 2009 года президент Бурятии Вячеслав Наговицын обратился к патриарху Кириллу с просьбой создать в республике отдельную православную епархию, аналогичное письмо было направлено и епископу Читинскому Евстафию. Также было высказано пожелание о создании новой церковной епископской кафедры и планирования строительства нового кафедрального собора.
Решением Священного Синода РПЦ 10 октября 2009года епархия была учреждена путём выделения ее из состава Читинской епархии. В 2009 году в Бурятии было около 70 приходов и менее 30 священнослужителей.
Элистинская и Калмыцкая епархия
В 60-х годах XIX века в Элисте был построен первый православный храм во имя святого Николая Чудотворца, который сгорел в 1896 году. В 1898 году в Элисте была построена Крестовоздвиженская церковь.
В 1990 году стараниями благочинного православных приходов в Калмыкии открыта первая в епархии воскресная школа. В начале 1990-х годов начато строительство Казанского храма в Элисте, заложены фундаменты для строительства других церквей в епархии.
6 октября 1995 года быть епископом новообразованной Элистинской и Калмыцкой епархии определен игумен Зосима (Остапенко).
7 октября постановлением Священного Синода была образована Элистинская и Калмыцкая епархия.
3 апреля 2011 года епископом Элистинским и Калмыцким определено быть архимандриту Зиновию (Корзинкину), который правил до 19 марта 2014 года, когда он был назначен митрополитом Мордовской митрополии. До назначения нового епископа Элистинского и Калмыцкого епархией управлял митрополит Ставропольский и Невиномысский Кирилл. 25 июля того же года на заседании Священного Синода правящим архиереем Элистинской епархии был избран архиепископ Юстиниан (Овчинников), управлявший до этого Патриаршими приходами в США.
Северобайкальская и Сосново-Озерская епархия
Епархия была создана постановлением Священного Синода РПЦ 5 мая 2015 года путём выделения из состава Улан-Удэнской и Бурятской епархии и включена в новообразованную Бурятскую митрополию. Епископом Северобайкальским избран наместник Посольского Спасо-Преображенского монастыря игумен Николай (Кривенко).
Кызыльская епархия
Епархия образована решением Священного Синода Русской православной церкви от 5 октября 2011 года в административных границах Республики Тувы путём выделения приходов из Абаканской и Кызыльской епархии. Управляющим новообрзованной епархией избран архимандрит Феофан, чья архиерейская хиротония состоялась 30 октября 2011 года.
В настоящее время ведутся работы по переводу богослужения на тувинский язык.
В октябре 2013 года открылись епархиальные курсы.